Fotbalový univerzál, kterého pro světový fotbal vychoval Baník Ostrava, kde Marek hrával již od svých deseti let. První start za baníkovské áčko si odbyl roku 1995. Výraznější šanci prosadit se do baníkovského áčka dostal v sezóně 1996/97 a díky svým výkonům si ihned řekl o místo v prvním týmu. Jen zřídkakdy chyběl v základní sestavě, přestože mu byla vytýkána jeho špatná defenzivní činost. Pravidelně hrával také v juniorských reprezentačních výběrech. V roce 2000 se s Bazaly rozloučil a zamířil do italské Neapole, kde si ho vyhlédl český trenér Zdeněk Zeman. Premiéru v italské nejvyšší soutěži si Marek odbyl 1. listopadu 2000, kdy jeho Neapol uhrála remízu 1:1 na hřišti Lecce. Novou část své fotbalové kariéry nezačal Marek příliš š»astně, jeho tým se neudržel v italské sérii A a setoupil. V roce 2002 se opět vrátil do nejvyšší soutěže, tentokrát v dresu Udinese Calcio, kde se dokázal výrazněji prosadit a patřil k oporám tehdejšího Udinese. V roce 2004 se o něj začali zajímat také přední evropské velkokluby, jakými byly Juvetus Turín a AC Milan, kterému se v roce 2005 podařilo získat Marka do svých řad a zavázat si jeho služby do června 2009. 12. únoraa 2007 prodloužil smlouvu o další dva roky do června 2011. V týmu Carla Ancelottiho se však Marek v konkurenci hráčů jako Gattuso, Kaká, Pirlo, Seedorf a mnoha dalších na začátku nedokázal prosadit. Nyní uľ Jankulovski patří k oporám záložních řad AC Milán.
