Daniele Bonera sa narodil v Brescii, a tam odštartoval aj svoju kariéru. Jeho prvá sezóna medzi profesionálmi bola v roku 1999/2000, keď odohral 5 zápasov. Debut v Serii A si odbil v zápase Udinese-Brescia 4:2 (1.10.2000). Potom ešte v Brescii odohral dve sezóny. V sezóne 2002/2003 prestúpil do Parmy, kde sa stal stabilným členom základnej zostavy. V Parme strávil 3 sezóny a dal 1 gól. V sezóne 2006/2007 prišiel do Milána ale v obrane mal veľkú konkurenciu a tak sa do základnej zostavy dostával menej. Postupne sa však zlepšoval a tréner Carlo Ancelotti ho staval čoraz viac. V prvej sezóne odohral 25 zápasov a najmä v jarnej časti patril medzi najlepších hráčov rossoneri. V sezóne 2007/2008 sa ukázala Bonerova univerzálnosť, keď mnoho krát nastúpil aj ako pravý obranca a práve na tomto poste odohral viac zápasov ako na stopérskom poste. Opäť sa mu viac vydarila druhá polovica sezóny a na jej konci už nastupoval stabilne v základnej zostave. Daniele má zmluvu s Milánom do roku 2010 a všetko nasvedčuje tomu, že ju aj dodrží.
